Di dua seri sebelumnya, Fate/stay night dan Fate/stay night: UBW, Shirou Emiya digambarkan sebagai replika pembela kebenaran yang lahir dari kekagumannya pada Kiritsugu, ayah angkat sekaligus penyelamatnya. Namun, di Fate/stay night Movie: Heaven's Feel - II. Lost Butterfly ia mulai menunjukkan perkembangan karakter orisinalnya.
Ideologi pembela kebenaran demi keselamatan banyak orang khas Kiritsugu di Fate/Zero yang selama ini dipegang Shirou mulai berubah. Di film ini Shirou memperlihatkan sifatnya sebagai manusia biasa yang memiliki kehendak pribadi seperti orang-orang pada umumnya, sikap yang tak ia perlihatkan di seri-seri sebelumnya yang membuatnya bak malaikat tanpa sayap.
Fakta mengejutkan mengenai apa yang telah dilakukan Sakura Matou membuat prinsip hidup yang selama ini ia pegang mulai goyah. Shirou berada di persimpangan jalan hidup yang sulit untuk memilih mana jalan yang terbaik. Apapun pilihannya akan membawa perubahan besar pada dirinya dan banyak orang di sekelilingnya.
Meskipun pada awalnya ragu, Shirou akhirnya memutuskan memihak Sakura. Ia memutuskan manjadi pahlawan hanya untuk Sakura seorang. Ia rela menghianati idelogi yang selama ini dipegangnya demi mempertahankan hubungannya dengan Sakura, demi kekasihnya yang ia cintai.