Ribuan tahun telah berlalu sejak seluruh umat manusia seketika berubah menjadi batu karena fenomena misterius. Senku, seorang anak sains dengan otak manusia super, terbangun.
Dihadapkan pada dunia batu dimana peradaban telah musnah, Senku memutuskan untuk menggunakan kekuatan sains untuk memulihkan dunia. Ia bertemu teman-teman baru dan menciptakan Kerajaan Sains.
Namun, "Kerajaan Bersenjata" yang dipimpin oleh Shishioji, siswa SMA terkuat di antara primata, menghalangi mereka. Pertarungan antara sains dan kekuatan berakhir dengan Senku dan teman-temannya berada di atas angin, namun Tsukasa terluka parah karena pengkhianatan teman-temannya.
Untuk menyelamatkan Tsukasa yang tertidur lelap, Senku dan teman-temannya menuju ke sumber sinar yang membatu, di sisi lain bumi, Dunia Baru!
Senku dan teman-temannya menyambut kapten berlengan dewa, Ryuusui, dan pergi ke laut. Tujuan kapal sains Perseus adalah tempat dimulainya 100 Kisah "Pulau Harta Karun"!
Untuk mencari harta karun yang tersembunyi di pulau itu, Senku bergegas menuju petualangan baru bersama teman-temannya!